S piškotki izboljšujemo vašo uporabniško izkušnjo. Z uporabo naših storitev se strinjate z uporabo piškotkov. V redu Piškotki, ki jih uporabljamo Kaj so piškotki?
Domov > O INŠTITUTU > Novice > Sistematično genomsko opredeljevanje in spremljanje epidemije SARS-CoV-2 v Sloveniji na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo Medicinske fakultete Univerze v Ljubljani, Rezultati testiranja 272 vzorcev odvzetih med 26. 07. 2021 in 01. 08. 2021

Sistematično genomsko opredeljevanje in spremljanje epidemije SARS-CoV-2 v Sloveniji na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo Medicinske fakultete Univerze v Ljubljani, Rezultati testiranja 272 vzorcev odvzetih med 26. 07. 2021 in 01. 08. 2021

Ljubljana, 12. 8. 2021

V trideseto presejalno sekveniranje virusnih različic SARS-CoV-2 z metodo določanja nukleotidnih zaporedij (sekveniranje) smo vključili 272 SARS-CoV-2 PCR-pozitivnih vzorcev na IMI, ki so bili odvzeti med 26. 07. 2021 in 01. 08. 2021. Izmed teh je bilo 69 % vzorcev iz osrednjeslovenske regije, 10 % iz Goriške regije, 5 % iz Zasavske regije, 4 % iz Posavske regije, 3 %  iz Obalno-kraške regije, 2 % iz Gorenjske regije, po 1 % iz Jugovzhodne, Pomurske, Podravske in Savinjske regije. Deset vzorce je pripadalo osebam, ki imajo stalno prebivališče v tujini.

Slika 1. Razporeditev posameznih genetskih različic opredeljenih s sekveniranjem celotnega genoma iz vzorcev vključenih v presejalno sekveniranje.

Slika 2. Razporeditev posameznih genetskih različic dokazanih v juniju in juliju 2021, opredeljenih s sekveniranjem celotnega genoma.

Alfa - B.1.1.7 - Angleška različica
Različica alfa (501Y.V1 - B.1.1.7) vsebuje naslednje značilne mutacije: del69-70, del144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H. V tridesetem presejalnem obdobju smo različico alfa potrdili v 6 vzorcih (2 %).

Slika 3. Dinamika deleža različice alfa med vzorci v presejalnem sekveniranju.

Beta - B.1.351 - Južnoafriška različica
Različica beta (501Y.V2 - B.1.351) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, D80A, D215G, K417N, E484K, N501Y, D614G in A701V. V tridesetem presejalnem obdobju različice beta nismo potrdili. Skupno smo do sedaj dokazali različico beta pri 23 osebah, od katerih jih 21 nima jasne epidemiološke anamneze za potencialni neposredni vnos iz tujine. Ena oseba je pripotovala iz celinske Tanzanije in ena iz Zanzibarja.

Gama – P.1 - Brazilska različica
Različica gama (501Y.V3 – P.1) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, T20N, P26S, D138Y R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I, V1176F. V tridesetem presejalnem različice gama nismo potrdili. Gama različico smo doslej potrdili pri 3 osebah.

Delta - B.1.617.2 - Indijska različica
Različica delta (B.1.617.2) vsebuje naslednje značilne mutacije: T19R, L452R, T478K, D614G, D950N, P681R, del157/158. V tridesetem presejalnem testiranju smo različico delta potrdili v 266 vzorcih (98 %). Skupno smo do sedaj različico delta potrdili pri 869 osebah. Genetsko različico delta plus v tridesetem presejalnem testiranju nismo potrdili. Skupno smo do sedaj različico delta plus potrdili pri 10 osebah.

Na spodnji sliki je prikazano naraščanje deleža različice delta med vzorci vključenimi v presejalno sekveniranje.

Epsilon - B.1.429
Za genetsko različico epsilon so značilne mutacije: S13I, W152C, L452R, D614G. Različica je najbolj razširjena v Kaliforniji, zabeležili so jo tudi v Mehiki. Različice epsilon do sedaj nismo potrdili v Sloveniji.

Eta - B.1.525
Genetska različica eta vsebuje naslednje značilne mutacije: Q52R, E484K, Q677H, F888L. Različica je najbolj razširjena v Nigeriji, na Danskem, v Združenem kraljestvu in Združenih državah Amerike. V tridesetem presejalnem obdobju različice eta nismo potrdili. Do sedaj smo potrdili različico eta v 23 vzorcih iz Osrednjeslovenske, Jugovzhodne, Savinjske in Zasavske regije.

Jota -  B.1.526
Za genetsko različico jota so značilne mutacije: L5F, T95I, D253G, E484K, D614G, A701V. Različica je razširjena predvsem v New Yorku, Združene države Amerike. V tridesetem presejalnem obdobju genetske različice jota nismo potrdili. Do sedaj smo potrdili različico jota v vzorcih 2 oseb.

Kapa - B.1.617.1  - Indijska različica
Genetska različica kapa vsebuje naslednje značilne mutacije: L452R, E484Q, D614G, P681R, Q1071H. V tridesetem presejalnem obdobju različice kapa nismo potrdili v presejalnem testiranju. Do sedaj smo potrdili različico kapa v vzorcu 1 osebe, ki se je vrnila iz tujine.

Genetska različica B.1.1.318
Za genetsko različico B.1.1.318 so značilne mutacije: T95I, del144, E484K, D614G, P681H, D796H. Različico so do sedaj dokazali v Združenem kraljestvu, v Švici in v Združenih državah Amerike. V tridesetem presejalnem testiranju različice B.1.1.318 nismo potrdili. Do sedaj smo potrdili različico B.1.1.318 v vzorcih 15 oseb iz Osrednjeslovenske, Posavske, Zasavske regije in pri osebah, ki imajo stalno prebivališče v tujini.

Genetska različica B.1.258.17
Evropska linija B.1.258.17 vsebuje naslednje značilne mutacije: N439K, D614G, V772I. Genetska različica se je v Sloveniji razširila v drugem valu epidemije. Drugače je različica razširjena še v Švici (9%), Nemčiji (9%), na Švedskem (6%) in v Avstriji (2%). Genetska različica alfa (B.1.1.7) je v Sloveniji popolnoma izrinila genetsko različico B.1.258.17. V tridesetem presejalnem obdobju različice B.1.258.17 nismo potrdili. Do sedaj smo različico B.1.258.17 v presejalnem testiranju potrdili v 1.380 vzorcih.

Genetska različica A.27
Za genetsko različico A.27 so značilne mutacije: L18F, L452R, N501Y, A653V, H655Y, D796Y, G1219V. Različica je najbolj razširjena v francoski čezmorski skupnosti Mayotte, zabeležili pa so jo tudi v Združenem kraljestvu, na Nizozemskem, Danskem in v Turčiji. V tridesetem presejalnem obdobju različice nismo potrdili. Do sedaj smo potrdili različico A.27 v skupno 31 vzorcih iz Osrednjeslovenske, Jugovzhodne in Obalno-kraške regije.

Okužbe po cepljenju proti COVID-19

Od 24. 02. 2021 do 1. 08. 2021 smo v sodelovanju z NIJZ sekvenirali 291 genomov SARS-CoV-2 po okužbi pri osebah, ki so bile cepljene. Od tega je bilo 140 oseb cepljenih s cepivom Comirnaty (BioNTech/Pfizer), 4 osebe so bile cepljene s cepivom Spikevax (Moderna), 134 oseb je bilo cepljenih s cepivom Vaxzevria (AstraZeneca/Oxford) in 13 oseb je bilo cepljenih s cepivom COVID-19 Vaccine Janssen (Johnson & Johnson’s/Janssen).

Pri cepljenih smo dokazali genetske različice, ki so pogoste v Sloveniji v približno enakem deležu, kot se pojavljajo v ostali populaciji.

Slika 5. Genetske različice SARS-CoV-2, ki povzročajo okužbo po cepljenju proti COVID-19 v slovenski populaciji.

---
PDF: Sistematično genomsko opredeljevanje in spremljanje epidemije SARS-CoV-2 v Sloveniji na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo Medicinske fakultete Univerze v Ljubljani, Rezultati testiranja 272 vzorcev odvzetih med 26. 07. 2021 in 01. 08. 2021

V ŠTEVILKAH

NOVE PREISKAVE

15

v letu 2014

11

v letu 2015

13

v letu 2016

NAŠA MOČ

7

profesorjev

36

doktorjev znanosti

149

zaposlenih

OBJAVLJENI ZNANSTVENI ČLANKI - SCI

63

v letu 2016

46

v letu 2017

KONTAKT

Univerza v Ljubljani | Medicinska fakulteta
INŠTITUT ZA MIKROBIOLOGIJO IN IMUNOLOGIJO
Zaloška 4,1000 Ljubljana

T: 01 543 74 00 | F: 01 543 74 01
E: imi.info@mf.uni-lj.si

KATEDRA ZA MIKROBIOLOGIJO IN IMUNOLOGIJO
T: 01 543 74 08
E: imi.katedra@mf.uni-lj.si

CERTIFIKATI KAKOVOSTI

Copyright 2001-2021 IMI. Vse pravice pridržane.